La fauna se encuentra amenazada. Existen unas 985 especies de aves, 345 mamíferos, 248 reptiles, 145 anfibios y 710 peces. Según la Fundación Vida Silvestre Argentina 529 de todas ellas están amenazadas. Reptiles como la tortuga verde, la boa vizcachera y la constrictor, aves como el loro vinoso, el pájaro campana, el cauquén colorado, el flamenco austral, el águila monera, el zorzal colorado, la urraca, la calandria, el tucán, el cardenal imperial y mamíferos como el huemul, el ciervo, el gato montés, el gato tigre, el yaguareté, el ocelote, el tatú carreta, el lobito de mar y de río, la chinchilla, el gato de los pajonales, los zorros gris, pampeano y del monte, el zorrino, el guanaco, la vicuña y el oso hormiguero, entre otras especies corren graves peligros de extinción.

Estas son algunas de las especies, que están próximas a desaparecer: